香港注冊手術控制系統醫療器械的流程主要包括以下步驟：

1. 確定資格和分類：首先，需要確定手術控制系統醫療器械是否屬于需要注冊的類別。在香港，醫療器械根據風險等級進行分類，不同類別的醫療器械可能需要不同的注冊程序。

2. 申請注冊：向香港特別行政區衛生署（Department of Health）提交注冊申請。這通常包括填寫建議的表格，并提供所有必要的文件和信息，如產品技術文件、質量管理體系文件等。

3. 文件審查：衛生署將對提交的文件進行審查，以它們符合法規和標準。這可能包括對產品的性能、安全性和質量控制措施的審查。

4. 評估和審批：在文件審查后，醫療器械可能需要接受進一步的評估和審批，包括產品性能測試、質量管理體系審查和可能的現場檢查。

5. 支付注冊費用：根據產品類型和等級支付相應的注冊費用。

6. 標簽和說明書審查：產品的標簽和說明書符合香港的法規和標準，可能需要對它們進行修改以符合要求。

7. 不良事件報告：提交不良事件報告，這是監測和報告與醫療器械有關的不良事件的重要步驟。

8. 獲得注冊證書：一旦注冊申請獲得批準，將獲得一份注冊證書，該證書將允許在香港銷售該醫療器械。

9. 市場監督：在注冊后，需要繼續遵守香港的法規和標準，并定期更新注冊信息，以產品繼續合法在市場上銷售。

需要注意的是，這只是一個大致的流程，具體的注冊要求和程序可能會因產品類型、衛生署政策和法規的變化而有所不同。建議與香港衛生署或的醫療器械注冊顧問或律師合作，以注冊申請能夠成功進行。