墨西哥手術控制系統醫療器械的注冊流程大致如下：

1. 了解法規和指導原則：首先，需要詳細了解墨西哥關于醫療器械的法規和指導原則。這有助于手術控制系統符合墨西哥的市場準入條件。

2. 準備注冊資料：根據墨西哥的要求，準備手術控制系統的技術文件、產品說明書、標簽、包裝、質量管理體系證明等相關文件和資料。這些文件是準確、完整并符合墨西哥法規要求的。

3. 填寫并提交申請表：包含基本的企業信息和產品信息，以及產品的詳細描述，如用途、規格、特性等。

4. 提交注冊申請：將準備好的注冊資料提交給墨西哥食品和藥品管理局（COFEPRIS）進行審查。提交方式可以是線上或線下，具體要求需根據墨西哥當時的規定來確定。

5. 技術評估和質量審查：COFEPRIS會對遞交的申請和文件進行技術評估，包括產品的技術規格、性能、安全性等。同時，還會審查醫療器械的質量管理體系文件，制造過程和質量控制符合要求。

6. 標簽和包裝審查：COFEPRIS會審查產品的標簽和包裝，標簽的準確性和完整性。標簽和說明書需要符合墨西哥的標準和要求，并提供西班牙語的版本。

7. 等待審批：提交注冊申請后，需要等待COFEPRIS的審批。審批時間可能因產品的復雜性和提交資料的完整性而有所不同。

8. 獲得注冊證書：如果手術控制系統符合墨西哥醫療器械法規和標準的要求，COFEPRIS會頒發醫療器械注冊證書。獲得注冊證書后，產品便可以在墨西哥市場合法銷售。

請注意，具體流程可能因手術控制系統的特性、墨西哥法規的更新以及國際貿易關系的變化而有所不同。建議在開始注冊流程之前，與當地的醫療器械咨詢服務或墨西哥的相關監管聯系，以獲取較新和較準確的注冊指導和要求。此外，還應遵守其他相關法規，如進口許可、清關手續等。