治療呼吸機醫療器械臨床試驗中可能存在的倫理問題主要包括以下幾個方面：

1. 受試者的知情同意：受試者有權知道他們正在參與的臨床試驗的所有相關信息，包括試驗的目的、可能的益處和風險、試驗的流程等。如果受試者不能理解這些信息，就需要他們的法定代理人代替他們做出決定。然而，有時可能存在代理簽署的知情同意書無法保護受試者的知情同意權的問題[1]。

2. 受試者的權益保護：臨床試驗應始終把受試者的權益放在首先位，包括他們的生命安全、身體健康、隱私權等。如果試驗方案設計不合理，可能會增加受試者的傷害[1]。

3. 試驗的科學性：臨床試驗的設計和執行應遵循科學的原則，以試驗結果的可靠性和有效性。如果因為操作問題導致臨床試驗無法進行科學評價，也是一個重要的倫理問題[1]。

4. 試驗的公正性：臨床試驗的結果不應受到任何形式的偏見影響，包括商業利益、個人偏好等。因此，所有的試驗決策都應在公開透明的環境中進行，以試驗的公正性。

5. 試驗的合規性：臨床試驗應嚴格遵守相關的法律、法規和倫理規范，以試驗的合規性。如果違反了這些規定，就可能產生嚴重的倫理問題。

以上就是治療呼吸機醫療器械臨床試驗中可能存在的倫理問題，需要臨床試驗的相關人員在實踐中充分注意和避免這些問題[1][2][4]。